造成我國物流業內部成本過高的原因是多樣性的，綜合來看，主要集中在以下三個方面：首先，近幾年來油價、人力成本不斷上漲，運輸成本持續增高，這是經濟發展過程中正常的成本上漲。其次，地方壟斷和保護阻礙物流業運營，過路費、過橋費、管理費、各種罰款、稅費支出居高不下。體制方面原因亟待加強治理，尤其是路橋費大幅推高物流業成本，已成為制約物流業發展的極大阻礙，有企業調查，此項費用已經占到總成本的50％，近些年來政府針對此項費用采取了多項措施，但收效甚微。再者，從企業自身發展角度來看，物流行業專業化、信息化水平低，缺乏科學先進的管理手段，沒有形成統一的行業規范，行業準入門檻低，企業基礎設施能力不足，運輸效率低，增長方式粗放，不能滿足社會需求。近期于浙江平湖調研時，平湖的日資企業表示，它們在選擇第三方物流公司的時候，只考慮日資企業，拒絕與我國物流企業合作，因為我國大部分物流企業都是幾輛運輸車，一部電話加傳真機，簡單粗放的運輸過程，完全無法滿足專業化、高品質物流需求。
